主計室由一群富有熱忱之工作團隊所組成，在主計室主任的帶領下，設有組長三位、專員二位、組員四位、行政專員和約用事務員十六人，辦理全校歲計、會計及統計等業務，透過校務基金之推動落實財務自主，提升資源使用效率。 主計室設有三組，主要業務為概預算之籌編、預算之分配、部門預算及計畫（含科技部及業界委辦產學合作、補助、推廣教育、捐贈、場地）之執行控管及審核、傳票之編製、月報及決算之編造及統計等業務。
「第一組」主要負責工作
1.產學合作研究計畫經費審核控管及結案。
2.政府科研補助委辦計畫、博士後研究及延攬人才計畫經費審核控管及結案。
3.管理費及結餘款經費審核控管及相關報表編製。
4.主計室例行性綜合業務及外部機關查核彙辦。
5.兼辦主計人事業務。
「第二組」主要負責工作
1.概預算籌編、預算分配、收支估計表編製、資本支出執行情形管控及預算保留業務。
2.教學研究補助收入、學雜費收入(含在職專班)、利息收入等經費審核控管及結案。
3.高教深耕計畫及其他政府補助計畫經費審核控管及結案。
4.籌辦主計業務宣導等教育訓練及會議資料整合。
5.公文收發登記桌、公務信箱及會計處通報管制等業務。
「第三組」主要負責工作
1.各類傳票編製、帳務處理及憑證整理。
2.會計月報、半年報及年度決算編製。
3.代收款、推廣教育、場地管理、捐贈、招生、權利金及其他收入經費審核控管及結案。
4.會計資訊系統及主計室網頁維護。
5.兼辦統計業務及主計室總務工作。
